Erst seit 1. Januar 1935 besteht der Doppelort Garmisch-Partenkirchen. Bis dahin waren Garmisch und Partenkirchen zwei getrennte Märkte, die jeder für sich eigenständige Entwicklungen aufwiesen.
Einen ersten Nachweis menschlichen Lebens in unserem Talkessel geben Funde aus der Jungsteinzeit (etwa 2. Jahrtausend v. Chr.). Später waren Kelten hier ansässig, wie noch Fluss- und Ortsnamen beweisen. Etwa um Christi Geburt gelangte das Gebiet unter römische Herrschaft. In der Folgezeit entstand die römische Provinz Rätien mit der Hauptstadt Augusta Vindelicorum (heute Augsburg).
Im 2. Jahrhundert n. Chr. wurde der alte Saumweg über den Brennerpass in das Voralpenland zur befestigten Straße, die sogenannte „Via Claudia“ ausgebaut. In dieser Zeit entstand auch die römische Reisestation Partanum, etwa an der Stelle, wo sich heute der Ortsteil Partenkirchen befindet. Schon im 7. Jahrhundert n. Chr. machten sich schließlich die ersten Bajuwaren im Tal ansässig.
Garmisch, damals Germareskauue genannt, wird 802 urkundlich erwähnt. Hier entstand auch die Urkirche, von der aus die Missionierung des gesamten Raumes bis in Teile des heutigen Tirols erfolgte. Das ebenfalls um diese Zeit bajuwarisierte ehemalige Partanum taucht urkundlich um 1130 als Barthinchirche auf. Im angehenden Hochmittelalter kam Garmisch unter welfische Herrschaft, während Partenkirchen andechs-meranisch wurde.
Der Freisinger Bischof Emicho erwarb für das Hochstift Freising vom Ritter Swiker, genannt von Mindelberg, 1249 Garmisch und 1294 vom Graf Berthold III. von Eschenlohe die Grafschaft „ze Partenkirchen und ze Mittenwald“ und gründete die Grafschaft Werdenfels. Bis zum Beginn der Säkularisation – 1802 – blieb die reichsunmittelbare Grafschaft in geistlichem Besitz. Während dieser Zeit erlebten Garmisch und Partenkirchen neben wirtschaftlicher Blütezeit – man sprach vom „Goldenen Landl“ – auch Tage des Elends und der Armut, die vor allem der Dreißigjährige Krieg mit der Pest, der spanische und österreichische Erbfolgekrieg sowie die napoleonischen Kriege brachten.
In einem Freisinger Urbar aus dem Jahr 1305 wird Partenkirchen als „forum“ (=Markt) bezeichnet, Garmisch erhielt 1455 ähnliche Rechte zugesprochen.
Die Handelsstraße zwischen Augsburg und der Adriametropole Venedig führte über Partenkirchen und der damit verbundene Rotthandel (Warentransport) ließ den Ort aufblühen. Garmisch erreichte durch bischöflichen Spruchbrief 1408 ebenfalls Anteil am Handel, verdiente jedoch auch durch die Flößerei auf der Loisach mit dem Transport von Gips, Holz, Stoffen, usw.
Als nun 1802 die Grafschaft Werdenfels in das Kurfürstentum und spätere Königreich Bayern aufgenommen wurde, mussten die neuen Herrscher das Gebiet mit Geldmitteln unterstützen, da die verarmten Gemeinden, die noch dazu durch die Verwaltungsreformen überfordert wurden, nicht in der Lage waren, ihren Bewohnern ausreichende Lebensgrundlagen zu bieten. Erst das allmähliche Aufleben des Reiseverkehrs ab Mitte des vergangenen Jahrhunderts, als Münchner Künstler die „Schönheit unseres Landls“ auf Leinwand oder Papier in die Welt hinaustrugen, die Fertigstellung der Bahnverbindung nach München 1889 und der Ausbau der Straßen wiesen den Weg in die Zukunft.
Die Bevölkerung stellte sich schnell um. Es entstanden Fremdenzimmer, Hotels, Kuranlagen und alle sonstigen Einrichtungen, die der anwachsende Fremdenverkehr beanspruchte. Die nach Garmisch-Partenkirchen vergebenen IV. Olympischen Winterspiele 1936 waren schließlich der Anlass zum Zusammenschluss der beiden benachbarten Orte zu einer Marktgemeinde am 01.01.1935. Der junge Doppelort wurde durch die IV. Olympischen Winterspiele 1936 weltberühmt und rückte ins Licht des Weltgeschehens.
Garmisch-Partenkirchen war nun ein weltweiter Begriff. Für die V. Olympischen Winterspiele 1940 war Garmisch-Partenkirchen wieder als Austragungsort vorgesehen, jedoch verhinderte der Überfall auf Polen und damit der Beginn des II. Weltkrieges die erneute Durchführung.
Nach dem II. Weltkrieg musste der Ort mit vielen Problemen fertig werden, doch fand der Fremdenverkehr bald wieder neuen Aufschwung. Bewusst sprach sich der Gemeinderat Anfang der 50er Jahre gegen eine Ansiedlung von größeren Industriebetrieben, aber für einen Ausbau des Touristik- und Fremdenverkehrsbereichs aus.
Moderne Kur- und Freizeitanlagen wurden errichtet, die bestehenden Einrichtungen verbessert und wirkungsvoll ergänzt. Mit der Durchführung der Alpinen Skiweltmeisterschaft 1978 sorgte ein neuerlicher sportlicher Höhepunkt für einen weiteren Aufschwung des Ortes. Das ständige Bemühen um die Erhaltung einer lebens- und liebenswerten Umwelt für Einheimische und Gäste ist dafür verantwortlich, dass seit Jahren ein fortwährender Urlauber- und Besucherstrom in ein Garmisch-Partenkirchen kommt, das mit seiner vorhandenen Infrastruktur einem Großteil der gestellten Anforderungen gerecht wird.
Seit 1989 sorgen die jährlich stattfindenden Richard-Strauss-Tage, neben der Förderung zahlreicher anderer kultureller Veranstaltungen, dafür, dass neben Fremdenverkehr, Sport, Heilklima und Kongressen auch die „Kultur“ eine tragende Säule des gesellschaftlichen Lebens Garmisch-Partenkirchens ist.
Aufgrund seiner infrastrukturellen Voraussetzungen wurde dem heilklimatischen Kurort Garmisch-Partenkirchen im geltenden Gemeindeentwicklungsplan das Prädikat „Mögliches Oberzentrum“ zuerkannt.
Seiner besonderen Auszeichnung als „Sportliche Gemeinde“ wurde Garmisch-Partenkirchen zudem durch die Austragung der Curling Europameisterschaft 2005, den Alpinen Junioren Ski-Weltmeisterschaften 2009 und der Durchführung der Alpinen Ski-Weltmeisterschaft 2011 gerecht.